La commune de Commer dispose de réseaux de collecte séparatif. Ils desservent les deux sites de traitement suivants : 
Lagune
Date de mise en service : janvier 1989
Capacité constructeur : 450 EH (27 Kg DBO5)
Débit nominal (de temps sec) : 75 m3/j
Type d’épuration : lagunage naturel
Filières eau : lagunage naturel
Filières boues : épandage agricole
Type de réseau : séparatif
Roseaux
Date de mise en service : janvier 2007
Capacité constructeur : 400 EH (24 Kg DBO5)
Débit nominal (de temps sec) : 60 m3/j
Type d’épuration : lits plantés de roseaux
Filières eau : filtres plantés, prétraitements
Filières boues : déshydratation naturelle, épaississement
Type de réseau : séparatif
